Złowrogi Doktor Robotnik powraca z zamiarem kontynuowania projektu swojego dziadka a następnie zniszczenia świata. Drużyna Sonica zmuszona jest po raz kolejny stanąć do walki.

Sonic, Knuckles i Tails ponownie łączą siły przeciwko potężnemu nowemu przeciwnikowi, Shadowowi. Shadow to tajemniczy złoczyńca z mocami niepodobnymi do niczego, z czym mieli do czynienia wcześniej. Drużyna Sonica musi szukać nieprawdopodobnego sojuszu w nadziei na powstrzymanie złoczyńcy i ochronę planety.