Po letniej przerwie Ada Niezgódka wraca do Akademii, żeby rozwikłać tajemnicę pochodzenia swojego przyjaciela – Alberta. W tym samym czasie profesor Kleks wyrusza do świata realnego, żeby odnaleźć przyjaciela sprzed lat.

"Kleks i wynalazek Filipa Golarza" to wyjątkowa podróż do świata wyobraźni, gdzie każde zdobyte doświadczenie i umiejętność mogą stanowić broń w walce z nadchodzącym złem. Tym razem Profesor Kleks jest zmuszony do powrotu do rzeczywistości i skonfrontowania się z technologią, która zagraża marzeniom dzieci, podczas gdy w Akademii jego miejsce czasowo zajmuje wierny ptak Mateusz.